孫にも財産を分け与えたいと考えています。
私には妻と長男、長女、それとすでに死亡した次男の子供（孫）が二人います。
孫はこの二人だけです。 そこで現在は別に住んでいますが孫にも財産を分けてあげたいと考えています。
長女は次男はすでに亡くなっているので次男の子供（孫）には権利がないのではと言っていますがどうなんでしょうか？

ご質問のケースではお孫さんにも相続権はあります。
相続は遺言や相続人同士の話合いで解決できるのがベターですが、なかなか思い通りいかないケースも多いようです。
話し合いがまとまらない時は家庭裁判所で調停・審理をしてもらうことになりますが、その場合の法定相続分にも次男さんの分の相続権を次男さんの子供であるお孫さんが代襲相続できるとの決まりがあります。
ご家族の構成を元に法定相続分を計算しますと、まず配偶者である妻が半分残りの半分を三人(次男さんも含む）で均等に分配します、しかしすでに次男さんは亡くなっていますので次男さんの相続分を二人のお孫さんで均等に分けることとなります。
相続が争続とならないためにも遺言を作成したほうがよろしいと思います。
ご質問のケースの法定相続分は下図のようになります。